”成员云南道御史杨维垣两度参劾崔呈秀各种罪状。

在崔呈秀倒台之后，魏忠贤成为下一个被弹劾的对象。自十月二十三日以来，陆澄源、钱元悫、钱嘉征等陆续弹劾弹劾魏忠贤罪状，，尤以贡生钱嘉征言辞最激烈，列举了“并帝”“蔑后”“弄兵”“无二祖列宗”“克削藩封”“无圣”“滥爵”“掩边功”“朘民”“通同关节”十条“滔天之罪”。

魏忠贤得知此疏，在朱由检面前痛哭流涕，连呼冤枉。朱由检不为所动，命内侍当廷诵读钱嘉征奏疏，让魏忠贤亲耳聆听，魏忠贤“震恐丧魄”。

魏忠贤以身体不适为由，请求辞职。徐应元本起于信王府，与魏忠贤相互勾结，但见魏忠贤将要失势，也请求养病，朱由检顺势批准魏忠贤、徐应元回家养病。

十一月初一日，朱由检在一切准备妥当之后，正式下旨将魏忠贤之罪昭告于世，贬魏忠贤至凤阳祖陵管理香火，客氏送至浣衣局收管。

魏忠贤出京时，带着大量随从，威风不减，不久，朱由检以魏忠贤“将素畜亡命之徒，身带凶刃，不胜其数，环拥随护，势若叛然”为由，下令将其逮捕至京。

行至阜城的魏忠贤从“阉党”成员李朝钦那里提前得知这个旨意，两人痛饮一番后双双自缢。

客氏被杖杀，崔呈秀亦自缢。其后，朱由检召回各地镇守太监，平反天启末年迫害东林党的冤狱，毁《三朝要典》，定“钦定逆案”，将魏忠贤等255人定为“逆党”，魏忠贤和客氏被凌迟戮尸，其党羽或处死，或削籍，或充军，从而实现了拨乱反正。时人评论此举“不动声色，潜移默夺，非天纵英武，何以有此”。

朱由检剪除魏忠贤后，兢兢业业，励精图治，力图挽回明朝的衰落，实现中兴之伟业。

朱由检训诫群臣，称在阉党垮台、“职掌还之各司”之后，群臣务必“致忠竭节”，洗刷积弊，以“为国节财，为民择吏”为要，同时“一切奏议有关国计者，遵我祖宗成法，不得妄议纷更”。

同时朱由检以身作则，勤于政事。他始终坚持经筵与日讲，不仅学习儒家经典，也作为听取讲官意见、与朝臣讨论时事的一个重要渠道，即使“边报纷纭”，经筵、日讲依然如故，甚至更加“精勤”。

朱