在随着战事的进行，晋军昏招频出，他们不仅不能保证军纪，反而主动地在荆南烧杀抢掠，败坏民心。而今更是不能保持赏罚分明，将战败的责任推委到朱伺等人头上，在内部引起分裂。与之相比，汉军的团结与政治清明更给人以好感。而以周顗、周馥等人投降为标志，荆州的政治天平算是自此正式倒向汉军一方。

刘羡招降这些晋军将领后，自是将他们重新任职，进一步稳定新获得的土地，整编俘虏的士卒。已经俘获的两万俘虏，刘羡为了表示诚意，仍然分给这些将领率领。不过为了确保朝廷的掌控力，刘羡将俘虏们原有的编制彻底打乱，然后就地征发了万余荆州人，合三万余人，重新进行整编。

整编的军队分为五部，分别让朱伺、田徽、周馥、苏温、张固率领，充实水军。

这倒也算得上是人尽其才。朱伺、周馥等人本来就有水军经验。尤其是朱伺，他是船匠出身，还擅长造船，让他们上岸步战，肯定比不上河东军、仇池军。但打水战，除去何攀之外，汉军内能比肩的就不多了。而且虽说汉军练了许久的水师，也取得了一定的成效，但到底还是更习惯于陆地作战，把水师交给这些晋军降将带，也不会激起郭默、索綝等人的嫉妒，可以说是两全其美。

并且，为了保证这些降将能够服从上级，刘羡特意将他们并入到何攀麾下。毕竟何攀也是晋朝老人，位列九卿，爵封西城侯，且是闻喜裴氏的姻亲，无论是官职、资历、门第，都足以压服这些降将。刘羡再让发小张固作为同级监督，又在基层军官中安排了一些益州士人，如此一套措施下来，只要经过一段时间的整合，就能将这支晋军化为己用了。

当然，也不是所有的晋军将领都安排了军职，如周顗，他在晋室的官职过高，作为平南将军，刘羡无法在军中给他找到一个合适的位置，即使找到了，也不能服众。好在刘羡了解他，这么多年不见，周顗不止外貌变化不大，心性变化也不大，他外表为人和善，但做事还是一个很有原则的人，刘羡便任命他为御史中丞，负责监察政务，也正好弥补刘沈去世后的空缺。

还有一些戴邈、郝嘏之流的晋军文士，他们并无带兵作战的能力，只是王衍派来监军，以确保朝廷对军队的控制，但真上了战场，其实也发挥不出什么作用。